La Dirección General de Planeamiento, Innovación y Desarrollo es el órgano de línea que depende de la Dirección Central de Gestión Institucional, encargado de la gestión y supervisión de los procesos del sistemas administrativos de planeamiento, presupuesto, modernización y racionalización, administración del Sistema Integrado de gestión, mejora continua de los procesos institucionales. Asimismo, planificar y controlar el cumplimiento de las actividades relacionadas con los procesos electorales, referéndum y otras consultas populares, mediante evaluaciones periódicas, en el ámbito de las competencias que la ley le asigna al Jurado Nacional de Elecciones. Adicionalmente, responsable de la fase de Programación Multianual de Inversiones del ciclo de inversión, seguimiento de las metas e indicadores previstos en el Programa Multianual de Inversiones y monitoreo del avance de la ejecución de las inversiones en el marco del Sistema Nacional de Programación Multianual y Gestión de Inversiones.