La celebración de convenios con instituciones nacionales y organismos internacionales ha sido una constante durante la actual gestión, especialmente en los ámbitos de Educación, Fiscalización Electoral y la OROP.
El JNE mantiene en la actualidad convenios de cooperación interinstitucional con las siguientes entidades:
· Ministerio de Educación (desde 2002). Con el propósito de contribuir a la formación cívica y ciudadana de los alumnos de primaria y secundaria, así como actualizar y reforzar la formación docente.
· Instituto Federal Electoral de México, IFE (desde 2003). Para desarrollar el Programa de Educación Cívica de la Ciudadana aprovechando las experiencias y materiales del Plan Trianual de Educación Cívica que se aplica en México.
· Gobierno Regional del Cusco (desde mayo de 2004). Para la aplicación del Programa de Educación Cívica Electoral en esta región, especialmente entre los escolares y la población campesina e iletrada, además de la capacitación docente en esta materia.
· Consejo Nacional de la Juventud, Conaju (desde 2003). Con la finalidad de incrementar la participación de los jóvenes en los procesos electorales.
· ONG Acción Por los Niños (desde 2001). Para fomentar la participación cívica estudiantil mediante los municipios escolares.
· Colegio Alpamayo (desde mayo de 2004). Con la finalidad de proporcionar material bibliográfico, ofrecer conferencias y capacitación a los alumnos de tercero, cuarto y quinto año de secundaria de este colegio privado en temas electorales.
· Asociación Civil Transparencia (desde 2004). Para viabilizar el proceso de adecuación a la Ley de Partidos mediante talleres, seminarios, reuniones, estudios y publicaciones dirigidos a los partidos políticos.
· Comisión Andina de Juristas (desde 2004). Con el propósito de desarrollar acciones conjuntas para la difusión del sistema electoral nacional entre la ciudadanía, especialmente en la niñez y juventud.